Karoq, Kodiaq'ın ardından 2017 yılında yeni kriterler ışığında Euro NCAP'ten 5 yıldız alan ikinci Skoda modeli oldu. Skoda, böylelikle "tüm modelleriyle" 5 yıldızlı güvenlik sunan sayılı markalar arasındaki yerini de aldı. Skoda Karoq, Euro NCAP çarpma testlerinde, "yetişkin yolcuları" yüzde 93 oranında koruyarak mükemmel bir başarı elde ederken, arkadan çarpmalarda da aracın boyun kısmının korunması konusundaki başarısı da not edildi. Karoq'un "Acil Frenleme Sistemi", şehir içindeki düşük hızlarda başarıyla çalışarak, testlerde neredeyse tüm kazaların önüne geçti. Euro NCAP ayrıca, çarpma anında yayaların bacaklarının korunması konusunda da Karoq'a "tam puan" verirken, araç, kaza anında yine yayaların baş kısımlarını da en iyi şekilde koruyor. Yeni Karoq, bu pasif güvenlik başarısını, yüksek burulma direncine, olağanüstü güvenli kabininde bulunan çok sayıdaki deformasyon alanlarına, özellikle de yan direklerde yüksek ve olağanüstü yüksek dereceli çelik kullanılmasına borçlu. Bununla birlikte Karoq'ta sürücü ve yolcunun yanı sıra yan, baş ve diz olmak üzere standart olarak 7 hava yastığına sahip. Çocuk koltuğu ise, gerek Top-Tether, gerekse Isofix sistemiyle, ön koltuğa da monte edilebiliyor. Arkadan çarpma anında, özel olarak tasarlanmış kafalıklar, sürücü ve ön yolcunun boyun yaralanmaları riskini en aza indirir. Proaktif yolcu koruma sistemi, ayrıca çarpışmada ön koltuklardaki emniyet kemerlerini gerginleştirir ve açık olan cam ya da sunroofu kapatır. Skoda Karoq, aynı zamanda pek çok kameranın yanı sıra radar ve sensör temelli sürücü asistan sistemleriyle de donatıldı. İnsan tanıma özellikli Şehir İçi Acil Frenleme sistemini de içeren Ön Radar Asistanı, yayalarla ilgili kazaları önlemeye yardımcı oluyor. Manevra ve Kaçış asistanı ise sürücülere, görüş mesafesinin düşük olduğu zamanlarda sürücüyü gizli tehlikelere karşı uyarıyor. Araçta bulunan diğer güvenlik donanımları arasında Adaptif Mesafe Koruma Yardımcısı, Şerit Takip, kamera tabanlı Trafik İşaretleri Tanıma sistemi, Acil Çağrı Fonksiyonu, Trafik Sıkışıklığı Asistanı ve Yorgunluk Tespit sistemi bulunuyor.

Nissan Qashqai, Avrupa’da yenilendi